« Surveiller et punir », « punir pour éduquer »… Certains établissements avaient une vocation plus disciplinaire que d’autres, c’était la hiérarchie subtile entre colonie pénitentiaires et colonies correctionnelles (c’était le cas de Aniane, Belle-Ile, Clermont ou Eysses) pour les « grands indisciplinés ». Il importait pour permettre de sauver définitivement les autres de soustraire ceux-ci à ceux là. Plusieurs établissements ont aussi adopté le régime progressif dans leurs propres murs : une sorte de « pédagogie classificatrice » dans lequel étaient distingués par section les plus méritants des moins méritants, avec bien sûr une section de fermeté. Tous les centres avaient leur propre échelle de punitions : de la privation de dessert, en passant par l’interdiction de visites ou de sorties. Partout, existait le mitard (que l’on retrouve dans certaines institutions jusqu’à la fin des années 1960, voire plus tard). La graduation des peines et la durée des séjours étaient méticuleusement consignés dans un livre d’isolement : untel pour s’être évadé ou avoir favorisé l’évasion d’un tiers, d’autres pour avoir fumé dans leur chambrette, pour impertinences renouvelées, chahut au dortoir, vol de vin, bagarres, mauvais esprit en classe, certains même pour avoir tenté de se suicider…